Evaluation of Sub-Network search programs in epilepsy-related GWAS dataset

Authors : Beyhan ADANUR DEDETURK, Burcu BAKİR GUNGOR

Pages : 292-298

View : 10 | Download : 6

Publication Date : 2022-04-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Aktif alt ağ tespiti, bir protein-protein etkileşim ağında hastalıkla ilgili genlerin birbirine bağlı bir grup genini bulmayı amaçlamaktadır. Son yıllarda bu problem için çeşitli algoritmalar geliştirilmiştir. Bu çalışmada, hastalığa özgü alt ağ tanımlama programlarının analizleri epilepsi veri seti kullanılarak değerlendirilmiştir. Aynı koşullar altında ve aynı veri seti ile 9 farklı program çalıştırılmış ve bu programların Greedy algoritması, Genetik algoritma, Simüle Tavlama Algoritması, MCC insert ignore into journalissuearticles values(Maximal Clique Centrality); algoritması, MCODE insert ignore into journalissuearticles values(Molecular Complex Detection); algoritması ve PEWCC insert ignore into journalissuearticles values(Protein Complex); Ağırlıklı Kümeleme Katsayısı); algoritması sonuçları gösterilmiştir. Her programın en yüksek puan alan 5 modülü, kat zenginleştirme analizi ve normalleştirilmiş karşılıklı bilgi kullanılarak karşılaştırılmıştır. Aynı zamanda tanımlanan alt ağlar, hipergeometrik test kullanılarak fonksiyonel olarak zenginleştirilmiş ve hastalıkla ilişkili biyolojik yollar belirlenmeye çalışılmıştır. Ayrıca programların çalışma süreleri ve özellikleri karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir.
Keywords : Protein Protein etkileşim ağları, Aktif alt ağ araması, Foksiyonel zenginleştirme analizi, Kat zenginleştirme, Normalleştirilmiş karşılıklı bilgi