Determination of Antibacterial Properties of Some Sulfonamide Compounds by Molecular Docking

Authors : Hilal ÖZTÜRK, Nuri YORULMAZ, Mustafa DURGUN, Zeynep TURHAN İRAK, İsmail Hakkı SARPÜN

Pages : 458-467

Doi:10.29233/sdufeffd.996484

View : 18 | Download : 7

Publication Date : 2021-11-25

Article Type : Research Paper

Abstract :Antibakteriyel çağı başlatan sülfonamid bileşiği olan Prontosil, ticari olarak temin edilebilen ilk antibakteriyel ajandır. Sülfonamid fonksiyonel grupları, antibakteriyel ilaçların ilk duyurulmasından bu yana tıbbi kimyada önem kazanmıştır. Sentetik sülfonamidler genel olarak biyolojik sistemlerdeki bakteriyel enfeksiyonların tedavisinde kullanıldığı gibi mantar önleyici, iltihap önleyici antioksidan, diüretikler, karbonik anhidrazlar, antitümör vb olarakta kullanılmaktadırlar. Çok çeşitli biyolojik uygulamaları nedeniyle biyoloji ve tıpta yüksek merak uyandırmıştır. Bu çalışmada, daha önceki bir çalışmada sentezlenen sülfonamid türevi bileşiklerin potansiyel antibakteriyel özelliklerini araştırmak için moleküler yerleştirme çalışmaları uygulanmıştır. Kenetlenme olasılığı, moleküler yerleştirmeyi de gerçekleştiren Autodock 4.2 kodu ile analiz edildi. E. coli β-ketoasil-asil taşıyıcı protein sentaz III`ün insert ignore into journalissuearticles values(KAS III, PDB ID: 1HNJ); aktif bölgesindeki sülfonamid bileşiklerinin yerleştirme simülasyonları, olası bağlanma modellerini ve engelleyici etkileri belirlemek için gerçekleştirilmiştir. Yerleştirme sonuçları, ticari bir antibakteriyel madde olarak kullanılan triklosan ile de karşılaştırıldı. Moleküler yerleştirme sonuçlarını analiz etmek için Biovia Discovery Studio Visualizer 2020 ve Autodock 4.2 yazılımı kullanıldı. Çalışmada kullanılan 3, 4, 5 ve 6 isimli sülfanamidlerin KAS III enzimine bağlanma enerjileri sırasıyla -6,94, -7,22, -7,76, -8,13 bulunmuştur. Moleküler docking çalışmasının sonucu bu sülfonamid türevlerinin potansiyel antibakteriyel özelliğe sahip olabileceğini göstermiştir.
Keywords : Moleküler yerleştirme, Sulfonamid, Antibakteriyel özellikler