Exact Microsatellite Density Differences among Capsicum Tissues and Development Stages

Authors : Ahmet ONUS, Ayşe İNCE, Mehmet KARACA

Pages : 291-299

Doi:10.1501/Tarimbil_0000001181

View : 16 | Download : 6

Publication Date : 2011-12-04

Article Type : Research Paper

Abstract :Genomda mikrosatellitlerin yoğunluk ve konum farklılıkları mikrosatellitlerin genetik gelişim ve gen ekspresyonunun düzenlenmesi konularında önemli roller oynadıklarını göstermektedir. Ancak, doku ve gelişme dönemleri arasında mikrosatellit yoğunluk farklılıkları üzerine yapılan çalışmalar ya yoktur ya da oldukça sınırlıdır. Bu çalışmada, 7 farklı doku ve gelişme dönemi arasında düzenli mikrosatellit yoğunluğu ve motifleri biber insert ignore into journalissuearticles values( Capsicum annuum L.); bitkisine ait ifade edilmiş gen parçası insert ignore into journalissuearticles values(EST); sekanslarından oluşturulan in silico kütüphaneleri kullanılarak belirlenmiştir. Sonuçlar anter, çiçek tomurcuğu ve plasenta dokularına özgü EST’lerde yaprak meyve, genç ve kılcal kök dokularına özgü EST’lere göre fiili işlevsel insert ignore into journalissuearticles values(housekeeping); ve doku spesifik EST’lerde düzenli mikrosatellit yoğunluğunun istatistiksel olarak önemli düzeyde düşük olduğunu göstermiştir. Buna ilaveten yapılan analizlerde de anter ve plasenta dokularında düzenli mikrosatellit yoğunluğu istatistiksel olarak önemli seviyede düşük, çiçek tomurcuğu, genç ve kılcal kök dokularında ise önemli düzeyde yüksek olduğu bulunmuştur. Housekeeping ve doku spesifik EST’lerde mono-, di-, tri- ve hekzanükleotit mikrosatellit motiflerinin yoğunlukları arasında önemli farklılıklar olduğu saptanmıştır. Tri- ve pentanükleotit yoğunluklarının ise önemli düzeyde olmadığı görülmüştür. Genel olarak sonuçlar housekeeping ve doku spesifik genlerde mikrosatellit ekspresyonun farklı olduğu ve mikrosatellitlerin doku ve gelişme dönemine göre farklı ekspresyona neden olduklarını göstermiştir.
Keywords : mikrosatellit yoğunluğu, tekrar tipleri, in silico analizler