Genomic Variability and Recombination Analysis of Grapevine leafroll-associated virus-1 Isolates from Turkey

Authors : Eminur ELÇİ

Pages : 319-327

Doi:10.15832/ankutbd.402162

View : 18 | Download : 8

Publication Date : 2019-09-05

Article Type : Research Paper

Abstract :Asma yaprak kıvırcıklık virüsü -1 insert ignore into journalissuearticles values(Grapevine leafroll-associated virus 1- GLRaV-1);, asma yaprak kıvırcıklık hastalığına insert ignore into journalissuearticles values(Grapevine leafroll disease-GLRD); neden olan etmenler arasında yer almakta olup dünya çapında virüs kökenli bağ hastalıkları arasında önem derecesi yüksektir. Bu çalışmada, Türkiye’den izole edilen GLRaV-1’ in yaygınlık derecesi, genetik varyasyonu ve rekombinasyon olayları araştırılmıştır. İlk olarak, farklı bölgelerden toplanan 197 adet asma örneği serolojik olarak test edilmiştir. Test edilen örneklerden 109 adetinin insert ignore into journalissuearticles values(%55.32); GLRaV-1 ile infekte olduğu tespit edilmiştir. İnfekte olduğu tespit edilen bu örnekler arasından her bir coğrafik bölgeyi temsil eden 9 adet izolat seçilerek GLRaV-1’in kılıf proteini insert ignore into journalissuearticles values(CP);, ikincil kılıf proteini insert ignore into journalissuearticles values(CPd2);, açık okuma çerçevesi 9 insert ignore into journalissuearticles values(p24); ve ısı şok protein homologu 70 insert ignore into journalissuearticles values(HSP70h); gen bölgelerinin genetik analizleri yapılmıştır. Yapılan analizlerde, çalışılan dört gen bölgesinden CPd2 gen bölgesinin genetik çeşitliliğinin en yüksek olduğu gözlenirken en korumalı bölgenin HSP70h geni olduğu tespit edilmiştir. Gen Bankasından alınan kayıtların da kullanılması ile oluşturulan filogenetik analizler sonucunda, izolatların iki büyük grup altında kümelendiği ve Türk izolatlarının da çoğunlukla aynı grup içerisinnde kümelendiği tespit edilmiştir. Fakat, değişik coğrafik bölgelerden toplanan izolatların coğrafik bölgeye göre kümelenmediği tespit edilmiştir. Bununla birlikte, Rekombinasyon Bulma Programında insert ignore into journalissuearticles values(RDP); yer alan algoritmaların aracılığı ile yapılan analizlerde çeşitli rekombinasyon olayları gözlenmiştir. Sonuç olarak, elde edilen bu veriler GLRaV-1’in gerek ülkesel gerekse dünya çapında genetik varyasyon çalışmalarına katkı sağlamakta olup bağcılıkta üretim materyallerinin sanitasyon programlarının geliştirilmesine yardımcı olacağı düşünülmektedir.
Keywords : Vitis vinifera L, CP, CPd2, p24, HSP70h, genetik varyasyon