The Partial Sequence Comparison of lef-8 gene Obtained from a Turkish SpliNPV–B with Several Baculoviruses

Authors : Umut TOPRAK, İ. Alper SUSURLUK, M. Oktay GÜRKAN

Pages : 384-391

Doi:10.1501/Tarimbil_0000000553

View : 19 | Download : 8

Publication Date : 2005-11-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Spodoptera littoralis Boisd. Lepidoptera:Noctuidae nukleopolihedrovirus SpliNPV Baculoviridae’nin bir üyesi olup grup II NPV’leri arasında yer almaktadır. Lef-8 iyi korunmuş bir gen olup pek çok lepidopter NPV’sinde tanımlanmıştır. Kodlanan proteinlerin nükleotid ve aminoasit dizinleri ve gen içerikleri filogenetik olarak aydınlatıcı olabilmektedir. Bu çalışmada, Türk SpliNPV-B SpliNPV-TR1 genomundaki lef-8 geni PCR’la kısmi olarak çoğaltılmış ve aminoasit dizinlerine göre bazı bakulovirüslerle analiz edilmiştir. SpliNPV-TR1 kısmi lef-8 geninin aminoasit dizinleri SpltNPV ile % 84 benzelik gösterirken AgipNPV, McNPV, RoNPV, HaNPV-G4, AcNPV, HzNPV ve BufuNPV ile sırasıyla sadece % 57, % 55 , % 51, % 50, % 50, % 50 ve % 49 aminoasit benzerliği göstermiştir. SpliNPV-TR1 ve granulovirüsler arasındaki sekanslar da düşük dizin benzerlikleri üretmiştir en fazla % 46 . Grup II NPV’leri esas olarak noctuid konukçulardan izole edilse de, bu noctuid NPV’leri arasında saptanan düşük dereceli benzerlikler SpliNPV-TR1 ve SpltNPV arasındaki yüksek benzerlik oranı hariç , bu izolatların monofiletik bir orijine sahip olamayacağını göstermektedir
Keywords : Bakulovirüs, Spodoptera littoralis, Noctuidae, SpliNPV TR1, lef 8, sekans, karşılaştırma