Occurrence of Cucumber mosaic cucumovirus and Watermelon mosaic potyvirus on Melon exhibiting viral symptoms in Bingöl province of Turkey and Their Phylogenetic Affinities

Authors : Abdullah GÜLLER, Mustafa USTA

Pages : 948-958

Doi:10.30910/turkjans.740195

View : 18 | Download : 6

Publication Date : 2020-10-20

Article Type : Research Paper

Abstract :2019 yılı Bingöl ilinde yapraklarda deformasyon, yeşil rengin farklı tonlarında mozaik deseni ve damar bantlaşması sergileyen kavun bitkileri tespit edilmiştir. Örnekler toplanmış ve infekteli bitkilerdeki olası viral etmeni tanımlamak ve karakterize etmek için kapsid protein genine insert ignore into journalissuearticles values(CP); spesifik primer setleri kullanılarak RT-PCR ile taranmıştır. İnfekte bitkilerden elde edilen agaroz jelde gözlenen yaklaşık 657 bp ve 822 bp uzunluğundaki DNA fragmentleri CMV insert ignore into journalissuearticles values(Cucumber mosaic virus); ve WMV insert ignore into journalissuearticles values(Watermelon mosaic virus); varlığını doğrulamıştır. Her bir virüs için rastgele seçilen iki DNA fragmenti jelden temizlenerek uygun klonlama vektörü içinde klonlanmış, sonrasında E. coli bakterisine insert ignore into journalissuearticles values(JM109 suşu); transformasyonu gerçekleştirilmiş ve son olarak yeni nesil sekanslama insert ignore into journalissuearticles values(NGS); ile dizilenmiştir. Elde edilen viral CP sekansları, CMV için MT361015 ve MT361016 erişim numarasıyla ve WMV için MT413451 ve 437295 erişim numarasıyla gen bankasına insert ignore into journalissuearticles values(NCBI); kaydedilmiştir. Sekans analizi, CMV ve WMV izolatlarının sırasıyla% 99.84 ve% 99.88 ile aynı türleriyle yüksek oranda dizi konsensüsü gösterdiğini ortaya koymuştur. Daha ileri analizler, her iki Bingöl izolatının Çin izolatıyla insert ignore into journalissuearticles values(DQ399708); en yüksek sekans benzerliği gösterdiğini açığa çıkarmıştır. Farklı coğrafyalarda çeşitli CP sekanslarından oluşturulan konsensüs ağacı, bu çalışmada tespit edilen iki CMV izolatının çeşitli bitki kaynaklarından elde edilen Türkiye, Tayland, Hindistan ve Çin`in alt grup IB izolatları ile çok yakın filogenetik ilişkide olduğunu açıkça ortaya koymuştur. Ayrıca Bingöl WMV izolatları, kavun ve kabaktan elde edilen Fransa izolatlarıyla ve karpuzdan elde edilen Çin izolatıyla evrimsel bir yakınlık sergilemiştir. Bu çalışma, Bingöl ilindeki insert ignore into journalissuearticles values(Türkiye); kavun bitkilerinde CMV ve WMV infeksiyonunu gösteren ve yüksek dizi homolojisi ile konsensüs ağacı ile desteklenen ilk bilimsel kanıttır.
Keywords : CMV, WMV, RT PCR, kapsid geni, filogenetik analiz