In Silico Screening of the Phenolic Compound Oleuropein and Its Hydrolysis Product 3-Hydroxytyrosol Against Certain Structural and Non-Structural Proteins of SARS-CoV- 2

Authors : Erman Salih İSTİFLİ

Pages : 824-833

Doi:10.30910/turkjans.953603

View : 12 | Download : 3

Publication Date : 2021-07-26

Article Type : Research Paper

Abstract :Yeni tip korona virüsü Mayıs 2021 itibariyle dünya genelinde yaklaşık 163 milyon kişiyi enfekte etmiş ve 3.3 milyondan fazla hastanın ölümüne neden olmuştur. Yoğun çalışmalara rağmen SARS-CoV-2 tedavisinde tam koruma sağlayan terapötik potansiyelli bir ilaç geliştirilememiştir. Bu çalışmanın amacı, moleküler modelleme simülasyonları kullanarak oleuropein ve onun hidroliz ürünü 3-hidroksitirosol’ün SARS-CoV-2 spike glikoproteini, papain-benzeri proteazı insert ignore into journalissuearticles values(PLpro);, ana proteazı insert ignore into journalissuearticles values(Mpro); ve RNA-bağımlı RNA polimerazına insert ignore into journalissuearticles values(RdRp); karşı inhibitör potansiyellerini araştırmaktır. 3-hidroksitirosol ile karşılaştırıldığında oleuropein, moleküler doking analizinde tüm protein hedeflere daha yüksek bağlanma afinitesi göstermekle beraber Mpro insert ignore into journalissuearticles values(-7.0 kcal/mol); ve RdRp`ye insert ignore into journalissuearticles values(-8.0 kcal/mol); karşı afinitesi oldukça yüksek bulunmuştur. Kök-ortalama-kare-sapması insert ignore into journalissuearticles values(0.14 - 0.32 nm); ve hidrojen bağı sayısı insert ignore into journalissuearticles values(6.85); göz önüne alındığında, Mpro-oleuropein kompleksinin aksine, RdRp-oleuropein kompleksi 15 nanosaniyelik moleküler dinamik analizinde oldukça kararlı bir bağlanma sergilemiştir. Oleuropein’in intraselüler hedefleri arasında çeşitli proteazlar insert ignore into journalissuearticles values(%17);, enzimler insert ignore into journalissuearticles values(%16);, G protein-bağlı reseptörler insert ignore into journalissuearticles values(%11);, kinazlar insert ignore into journalissuearticles values(%10); ve diğer sitozolik proteinler insert ignore into journalissuearticles values(%10); bulunmasına rağmen, olasılık analizlerine göre oleuropein’in bu hedeflere bağlanma olasılığı oldukça düşük bulunmuştur insert ignore into journalissuearticles values(p = 0 - 0.22);. Birkaç istisna dışında oleuropein`in absorbsiyon-dağılım-metabolizma-atılım-toksisite insert ignore into journalissuearticles values(ADMET); profili, bir ilaç molekülünde bulunması gereken fizikokimyasal özelliklere sahip olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak oleuropein, RdRp`nin aktif bölgesine sıkıca bağlanma ve bu enzimi inhibe etme potansiyeline sahiptir. Oleuropein, COVID-19 tedavisinde tek başına ya da remdesivir veya favipiravir gibi replikaz inhibitörleri ile birlikte kullanılabilir. Bulgularımızın kanıtlanması için ilave in vitro ilaç-bağlanma ve in vivo etkinlik çalışmalarına ihtiyaç duyulmaktadır.
Keywords : Oleuropein, 3 hidroksitirosol, SARS CoV 2, RdRp, Moleküler doking, Moleküler dinamik