Sorgum [Sorghum bicolor (L.) Moench] Genomunda BES1 Transkripsiyon Faktör Ailesinin Genom Çaplı Analizi

Authors : Ayşe Gül KASAPOĞLU, Emre İLHAN, Damla KIZILKAYA, Arash HOSSEİN POUR, Kamil HALİLOĞLU

Pages : 85-95

Doi:10.19159/tutad.671605

View : 20 | Download : 9

Publication Date : 2020-02-29

Article Type : Research Paper

Abstract :BES1 transkripsiyon faktörü ailesi brassinosteroidlerin biyosentezinde önemli bir role sahiptir. Bitki büyüme ve gelişme süreçlerini ve çevresel streslere yanıt mekanizmasını etkileyen bir steroid hormonudur. Bu çalışmanın amacı sorgum [Sorghum bicolor insert ignore into journalissuearticles values(L.); Moench] bitkisinin farklı dokularında farklı azot kaynakları insert ignore into journalissuearticles values(kontrol gübresi, amonyak, nitrat, üre); uygulanarak bu dokulardaki BES1 transkripsiyon faktörünün ifade profillerini belirlemek ve in siliko olarak BES1 gen ailesinin üyelerini genom çapında tespit ederek karakterize etmektir. Sorgum genomunda amino asit sayıları 190 ile 716, moleküler ağırlıkları 35.27 ile 80.54 kDa ve izoelektrik noktaları 5.0 ile 10.07 arasında değişen 9 Sobic-BES1 proteini belirlenmiştir. Gen yapısı analizlerinde tahmini ekzonların sayısı 2 ile 10 arasında değişmiştir. S. bicolor, Arabidopsis thaliana ve Oryza sativa türlerinin BES1 proteinleri kullanılarak filogenetik ilişki tespit edilmiştir. Evrimsel süreçte Sobic- BES1-4 ve Sobic-BES1-9 genlerinin segmental duplike olduğu belirlenmiştir. İn siliko gen ifade analizlerine göre farklı azot kaynaklarının ve su kontrolünün uygulandığı kök ve sürgün dokularında Sobic-BES1-4 ve -9 genlerinin ifade seviyelerinin en yüksek olduğu, diğer taraftan kullanılan azot kaynağına ve dokuya göre Sobic-BES1-1, Sobic-BES1-2 ve Sobic-BES1-8 genlerinin ifade seviyelerinin farklılık gösterdiği belirlenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları fonksiyonel gen araştırmaları için bir temel sağlayacak olup, sorgum bitkisinde BES1 gen ailesinin anlaşılmasına katkı sunacaktır.
Keywords : Biyoinformatik analizler, fitohormon, brassinosteroid, gen ailesi, gen ifadesi