Molecular identification of ‘Candidatus Phytoplasma solani’ using SecY and Vmp1 Genes in Tomato Plants from Van province

Authors : Mustafa USTA, Abdullah GÜLLER, Serap DEMİREL

Pages : 951-960

Doi:10.29133/yyutbd.950047

View : 14 | Download : 5

Publication Date : 2021-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Domates insert ignore into journalissuearticles values(Solanum lycopersicum); finansal olarak en öemli sebze bitkilerinden biridir. Solanaceae familyasına ait olan domates Türkiye’nin de içerisinde bulunduğu bir çok ülkede kültürü yapılmaktadır. Domates bitkilerinde Stolbur gruptan ‘Candidatus Phytoplasma solani’nin doğal varlığı dünya genelinde geniş ölçüde 16S rRNA geni üzerine dayalı olarak gerçekleştirilmiştir. Çiçekte anormallik ve kırıslık, morluk ve gür görünüm sergileyen domates bitkileri Türkiye’nin Van ilçesinde gözlendi. Domates yapraklarından DNA izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen DNA’lar evrensel primer çiftleri çift PCR tekniğiyle 16S rRNA sekansını çoğaltmak için kalıp olarak kullanıldı. Muhtemel ajanın varlığının doğrulanmasının ardından, Nested PCR tekniği aynı DNA’ların SecY ve Vmp1 genlerini amplifiye eden uygun primer çiftleri kullanılarak gerçekleştirildi. Çoğaltılan PCR ürünleri daha sonra pGEM T-Easy vektöre klonlandı ve yeni nesil sekanlama teknolojisi ile sekanslandı. 1438 bp’lik Vmp1 geni ve 905 bp’lik SecY genine ait nükleotid dizileri Stolbur grupa ait ‘Ca. P solani’nin daha önceleri yayınlanan Vmp1 ve SecY geni ile sırası ile 97.38% and 100% maximum nükleotid benzerliği göstermiştir. ‘Ca. P solani’ye ait bizim gen sekanslarımız ile oluşturulan filogenetik ağaca göre Vmp1 ve SecY geni sekansları sırasıyla Sırbistan ve Fransa’dan aynı ajanın aynı genleri ile yüksek filogenetik ilişki göstermiştir. Bizim bilgimize göre bu çalışma ribosomal olmayan genlere dayalı Türkiye’de domates bitkilerinde SecY and Vmp1 genlerini kullanarak stolbur grupda insert ignore into journalissuearticles values(16Sr XII-A); ‘Ca. P. solani’nin filogenetik ilişkisini ortaya koyan ilk rapordur.
Keywords : Ca P solani, Vmp1, SecY, domates, Filogeni, Türkiye