Isparta ve Burdur İli Domates Üretim Alanlarında Tomato chlorosis virus`un Nested-RT-PCR Yöntemiyle Tanılanması

Authors : Nevin AKDURA YEŞİLYURT, Bayram ÇEVİK

Pages : 11-23

View : 17 | Download : 5

Publication Date : 2017-06-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada, Isparta ve Burdur illerin domates üretim alanlarında Tomato chlorosis virus insert ignore into journalissuearticles values(ToCV); varlığı araştırılmıştır. Bu amaçla bu illerin yoğun domates üretimi yapılan bazı bölgelerinde arazi çalışmaları yapılarak 24 farklı üretim alanından 85 adet domates örneği toplanmıştır. Elde edilen örneklerden öncelikle total nükleik asit izolasyonu yapılmış ve daha sonra tüm örneklere tersine transkripsiyon uygulanarak insert ignore into journalissuearticles values(reverse transcription, RT); cDNA sentezi sentezlenmiştir. Daha önce ToCV tanısında kullanılan ısı şoku protein homolog insert ignore into journalissuearticles values(heat shock protein homologue, hsp70h); genine spesifik primerler kullanılarak nested-RT-PCR yöntemiyle ToCV tanılaması yapılmıştır. Yapılan RT-PCR testleri sonucunda, 85 örnekten 6 tanesinin ToCV pozitif olduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar Isparta ve Burdur illerinde ToCV varlığını ilk kez göstermiş, ancak enfeksiyon oranının düşük insert ignore into journalissuearticles values(Isparta % 5,71 ve Burdur % 8,00); olduğunu ortaya koymuştur. Burdur`dan elde edilen ToCV55 numaralı izolatının hsp70h geni yeniden çoğaltılarak DNA dizisi belirlenmiştir. Bu izolatın DNA dizisi dünyanın farklı domates üretim bölgelerinden elde edilen ToCV izolatların hsp70h genleriyle karşılaştırılmış ve filogenetik analizler yapılmıştır. Yapılan dizi analizleri sonucunda, Burdur 55 ToCV izolatının diğer ToCV izolatlarıyla %93-95 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Yapılan filogenetik analizler ToCV izolatlarının hsp70h genine göre iki ana gruba ayrıldığını, ancak Burdur 55 izolatının bu iki grubun dışında kalan farklı bir izolat olduğunu göstermiştir.
Keywords : Domates, ToCV, hsp70h, nested RT PCR, dizi analizi, filogenetik analiz