Mikrobiyota Çalışmalarında Örnek Alımı ve DNA İzolasyonu

Authors : Mehmet KÖROĞLU

Pages : 50-55

View : 9 | Download : 22

Publication Date : 2017-11-15

Article Type : Review Paper

Abstract :İnsan vücudunda başta bağırsaklar olmak üzere mikrobiyota değişikliklerinin birçok hastalıkla ilişkili olduğu saptanmıştır. Mikrobiyota çalışmalarının en önemli basamaklarından biri; numunenin uygun şartlarda toplanması, transferi, saklanması ve yine uygun koşullarda dizileme işlemlerine hazır hale getirilmesidir. Bu aşamalarda oluşabilecek hatalar ve eksiklikler çalışma sonucunu ciddi şekilde etkileyecektir. Yaş, diyet, kilo, antibiyotik kullanımı, diğer ilaçlar insert ignore into journalissuearticles values(metformin, proton pompa inhibitörleri, kortikosteroidler v.b.);, menapoz/puberte gibi hormonal durumlar, sigara/alkol kullanımı, kronik hastalıklar ve ağız diş sorunları gibi birçok faktör mikrobiyota üzerine etkili olduğundan kayıt altına alınmalıdır. Çalışmaların büyük bir kısmı bağırsak mikrobiyotası üzerine yapılmıştır. Ancak; ağız, ürogenital sistem, deri, solunum yolu, burun, plesenta, anne sütü ve göz gibi vücudun diğer kısımlarına odaklanan çalışmalar da bulunmaktadır. Bağırsak mikrobiyota çalışmalarında genellikle dışkı örneği insert ignore into journalissuearticles values(en az 1 gram); alınması tercih edilmektedir. Evde veya sağlık kurumunda alınabilir. Dışkı örneği, oda ısısında en fazla 24 saat, buzdolabında insert ignore into journalissuearticles values(+4°C); birkaç gün ve -80°C’de uzun süre saklanabilmektedir. Mümkünse birkaç alikot alınmalıdır. Fekal örneğin alındıktan sonra hızlıca dondurulması insert ignore into journalissuearticles values(-80°C); referans yöntemdir. Dondurulmadan önce stabilizasyon tamponuna alınması en uygunudur. Rektal ve fekal swab örnekleri de kullanılmaya başlanmıştır. Fekal örneklere göre minör farklılıklar olduğu vurgulanmakta, daha kullanışlı, daha kolay ve büyük çalışmalara uygundur. Ancak bu konuda henüz yeterli sayıda çalışma yoktur. Kolon mukozasından alınan biyopsi örnekleri ve kolon lavaj sıvısı, çok yaygın olmasa da kullanılabilir. Mukozal mikrobiyota, bağırsak epitelinin yüzeyindedir. Bu nedenle daha az değişkendir/tutarlıdır ve konak hücreleri ile doğrudan etkileşim içerisindedir. Bundan dolayı mukozal biyopsi örneklerinin gold standart örnekleme tipi olduğu vurgulanmaktadır. Ancak; kolonun hazırlığı, kolonoskopik biyopsi gibi invaziv bir işlem gerektirmesi ve biyopsi boyutunun da sonucu etkileyebilmesi bu yöntemin önemli dezavantajlarıdır. Vücudun diğer bölgelerinden sürüntü veya doku örnekleri v.b. çeşitli örnekler mikrobiyota analizlerinde kullanılabilir. Mikrobiyota çalışmaları için tüm amaçlara uyabilecek evrensel DNA ekstraksiyon yöntemi yoktur. Yüksek kaliteli saf DNA gereklidir. Çok sayıda farklı yöntemlerle çalışan ticari kit mevcuttur. Bunlar, çalışma öncesi iyi analiz edilip amaca uygun oldukları araştırılmalıdır. Otomatize sistemler en yüksek verimliliğe sahiptir. Sonucu etkileyebilecek potansiyel inhibitörlerin uzaklaştırılmalıdır.
Keywords : Mikrobiyota, dışkı örneği alımı ve saklanması, rektal fekal swab, mukozal biyopsi