Medaka (Oryzias latipes) Glukoz 6 fosfat Dehidrogenez (g6pd) Geninin Genomik Organizasyonu

Authors : Mehtap BAYIR

Pages : 38-44

Doi:10.35229/jaes.655016

View : 15 | Download : 7

Publication Date : 2020-03-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Ekzotermik canlılar, serbest radikallerin zararlı etkilerinden korunabilmek için güçlü enzimatik ve enzimatik olamayan antioksidan savunma sistemine gereksinim duyarlar. Çalışmada Glukoz 6 fosfat dehidrogenez insert ignore into journalissuearticles values(g6pd); enzim geninin tercih edilme nedeniyse, antioksidan savunma sistemin temel enzimlerinden birisi olmasıdır. Araştırmada medaka insert ignore into journalissuearticles values(Oryzias latipes); g6pd geninin yapısı insert ignore into journalissuearticles values(ekson ve intron dizilimleri, TATA kutusu, CAAT kutusu, Poli A kuyruğu); belirlenmiş, bu genin transkribe ettiği amino asitler tespit edilmiş ve diğer omurgalılarda aynı gen tarafından üretilen protein dizilimleri NCBI veri tabanı ve ENSEMBL veri tabanlarından elde edilerek Bioedit programında dizileme işlemi yapılmış, benzerlik- özdeşlik oranları % olarak hesaplanmış ve tablo olarak verilmiştir. Ayrıca yine elde edilen protein dizilimleri esas alınarak, BioEdit yazılımı ve MEGA6 programı kullanılarak, medaka insert ignore into journalissuearticles values(O. latipes); ve diğer bazı omurgalılar arasındaki filogenetik ilişki belirlenmiştir. Medaka g6pd geninde bulunan, sıralanmış belirleyiciler olarak tanımlanan korunmuş genlerin, zebra balığı, fugu, stickleback plati balığı ve insan g6pd genlerinin kromozomlar üzerinde bulundukları bölgeler belirlenerek manuel olarak korunmuş gen sentezi dizayn edilmiştir. Teleost balıkların stres oluşturan etmenlere karşı vermiş oldukları tepkiler, moleküler çalışmalarla ölçülmesi mümkün olan tepkilerdir ve dolayısıyla çalışılan türün genetik özelliklerinin belirlenmesi biyoteknolojik çalışmalar bakımından oldukça önemlidir. Bu nedenle biyoenformatik veri tabanları ve programları kullanılarak medaka insert ignore into journalissuearticles values(O. latipes); g6pd geninin karakterizasyonu ve identifikasyonu yapılmıştır. böylece balıkların moleküler stres cevabı çalışmalarında kullanılabilecek öncü veriler bu araştırma ile bilim dünyasına sunulmuştur.
Keywords : Medaka, Biyoenformatik, Model organizma