MOLECULAR DYNAMICS INVESTIGATION OF ALPHACONOTOXIN SI BINDING TO nAChR

Authors : Onur Tuna, Turgut Baştuğ

Pages : 5-7

Doi:10.18596/jotcsa.80882

View : 7 | Download : 6

Publication Date : 2015-01-30

Article Type : Other Papers

Abstract :Nikotinik Asetilkolin Reseptörler insert ignore into journalissuearticles values(nAChR); analjezikler gibi ilaçların kesfinde önemli bir rol oynamaktadır. Alfa-konotoksin SI insert ignore into journalissuearticles values(SI); koni salyangozun zehrinde bulunan 13 aminoasitli bir peptiddir. Yeni ilaçlar kesfetmek için bu peptidlerin etkilesimlerinin arastırılması önemlidir. Moleküler etkilesimleri deneysel olarak arastırmak neredeyse imkansızdır. Bu durumda, Moleküler Dinamik insert ignore into journalissuearticles values(MD); simülasyonları gibi hesaplamalı teknikler bu etkilesim mekanizmalarını ortaya çıkarmak için kullanılır. nAChR için saflastırılmıs bir yapı Unwin N. tarafından 2005’te yayınlanmıstır. [1] HADDOCK ve NAMD yazılım paketleri kullanarak sırasıyla kenetlenme ve MD simülasyonları gerçeklestirdik. MD çalısmalarımızın en olası bağlanma bölgelerini ve SI’nın nAChR için afinitesini etkileyen önemli aminoasitleri sunan önceki deneysel çalısmalarla uyumlu olduğunu gösterdik. Verimli bir yaklasım kullanarak Ortalama Kuvvet Potansiyeli hesaplarından nAChR ve SI etkilesim mekanizmasını ortaya çıkardık.
Keywords : Moleküler Dinamik, ortalama kuvvet potansiyeli, şemsiye örneklemesi, ilaç keşfi