MIMICKING THE SECONDARY SPHERE OF HOMOPROTOCATECHUATE DIOXYGENASE (HPCD) ENZYME ACTIVE SITE A THEORETICAL STUDY

Authors : Muhammed BÜYÜKTEMİZ, Yavuz DEDE

Pages : 105-108

Doi:10.18596/jotcsa.18009

View : 4 | Download : 6

Publication Date : 2015-01-30

Article Type : Other Papers

Abstract :Fe-HPKD aromatik halkaların oksidatif halka açılımını gerçeklestiren, hem-olmayan insert ignore into journalissuearticles values(non-heme);, bir enzimdir.[1,2] Önerilen reaksiyon mekanizmaları ve literatürdeki son çalısmalar, 0 nolu kompleksten 3 veya 4’e insert ignore into journalissuearticles values(Sekil 1); erisimin ikincil koordinasyon küresinde bulunan His200 bazı aracılığı ile gerçeklestiğini öne sürmektedir. [3,4] Dolayısıyla, His200’ün reaksiyon mekanizmasında Brønsted bazı olarak rol oynadığı söylenebilir. Arastırmamızda, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi kullanılarak birinci koordinasyon küresinde bulunan imidazol halkalarına farklı fonksiyonel grupların eklenmesi ile ikincil koordinasyon küresindeki His200’ün görevinin taklit edilmesine çalısılacaktır insert ignore into journalissuearticles values(Sekil 1);. Tasarlanan proton transfer grupların termodinamik ve kinetik parametreler açısından doğal enzim merkezindeki tepkime ile uyumlu olması hedeflenmektedir. Sekil 1’de reaksiyon mekanizması ve proton transferini gerçeklestirebileceği düsünülen fonksiyonel gruplar listelenmistir.
Keywords : HPKD, DFT, reaksiyon mekanizması, enzim merkezi, ikincil koordinasyon küresi