Tuz ve kuraklığa maruz kalmış domates genomunda Lycopersicum esculentum L. DNA metilasyon seviyesinin CRED-RA tekniği ile araştırılması

Authors : Ersin ALTUNKAYNAK, İlker BÜYÜK, Semra SOYDAM-AYDIN, E. Sümer ARAS

Pages : 163-172

View : 19 | Download : 8

Publication Date : 2016-04-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Genomdaki metilsitozin seviyesi veya metilasyon oranı enzimle kesim-rastgele amplifikasyon CRED-RA tekniğininde içerisinde yer aldığı bir çok yöntem ile belirlenebilir. CRED-RA HpaII ve MspI gibi metilasyon duyarlı enzimlerin kullanıldığı önemli bir tekniktir. Bu çalışma kapsamında CRED-RA tekniği farklı zaman aralıklarında 0, 6, 9, 12 ve 24 saat 100 mM NaCl ve Plietilen glikol PEG uygulanmış domates Lycopersicum esculentum L bitkisinde DNA metilasyon değişikliklerinin belirlenmesi amacı ile kullanılmıştır. DNA band değişiklikleri Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA RAPD analizi aracılı ile ortaya konmuştur. 12 saat süre ile NaCl ve PEG uygulanmış örneklerden RAPD analizi ile elde edilen DNA bant değişikliklerinin de-metilasyon/hipometilasyon açısından kritik olduğu görülmüştür. CRED-RA analizi verilerine göre, PEG uygulamasının NaCl uygulamasına oranla domates genomundaki DNA metilasyon seviyesinde daha fazla değişikliğe sebep olduğu görülmüştür. Her iki stres koşulu içinde toplam metilasyon seviyesindeki maksimum düşüşün 9h uygulamasında olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak; bu çalışma ile CRED-RA tekniğinin kuraklık ve tuz gibi abiotik stres koşullarına maruz kalmış bitkilerde DNA metilasyon seviyesindeki değişikliklerin belirlenmesinde kullanılabileceği görülmüştür
Keywords : metilasyon, CRED RA, tuzluluk, domates, kuraklık