Molecular ıdentification of Nocardia Diversity in soil by multilocus sequence analysis

Authors : Fadime ÖZDEMİRKOÇAK, Kamil IŞIK

Pages : 122-133

View : 15 | Download : 5

Publication Date : 2015-08-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Nocardia suşlarının tanımlanması 16S rRNA dizi analizleri, kemotaksonomik ve biyokimyasal testlerdeki hatalar nedeniyle zordur. Bu çalışmada, olası yeni Nocardia izolatlarının tanımlaması Multilokus Dizi Analizleri kullanılarak yapıldı. Dört multilokus gen bölgesi, giraz B, DNA topoisomerazın β altünitesi gyrB , 16S rRNA 16S rDNA , SecA preprotein translokazın A altünitesi secA1 ve RNA polymeraz β altünitesi rpoB , farklı toprak örneklerinden izole edilen on Nocardia suşunun tanımlanmasında kullanıldı. On izolatın gyrB, 16S rRNA, secA1 ve rpoB gen bölgeleri ilişkili Nocardia tip suşları ile karşılaştırıldı. 2.061 bp’in birleştirilmiş dizi analizleri tüm izolat ve tip suşlarının 91.4-99.8%. tür içi benzerlik oranı ile farklılaşmasını sağladı. Nocardia sp. FSN13, FSN14, FSN34 ve FSN37 isolatları N. abscessus tip suşu ile birleştirilmiş gyrB-16S rRNA-secA1-rpoB dizi benzerliği 95.4- 96.4% olduğu belirlendi. FSN35, FMN06 ve FMN15 Nocardia isolatlarının 97.9, 95.3 ve 98.6% dizi benzerliği ile N. rhamnosiphila’a akraba olduğu belirlendi. FSN27 izolatı N. takedensis ile yakın ilişkili olduğu belirlendi ve FGN17 ve FGN19 izolatlarınında N. speluncae ile 95.5 ve 95.3% benzerlik oranı ile ilişkili olduğu belirlendi
Keywords : 16S rRNA, gyrB, rpoB, secA1, Nocardia