The association of 16SrVI and 16SrI phytoplasma groups with carrot seeds and weeds in Ankara and Konya provinces in Turkey

Authors : Filiz RANDA ZELYÜT, Filiz ERTUNÇ, Derya ŞENAL

Pages : 24-33

Doi:10.16955/bitkorb.1014427

View : 6 | Download : 4

Publication Date : 2022-03-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Havuçta şiddetli sararma ve kızarıklık belirtileri ile ilişkili fitoplazma inokulum kaynakları Ankara ve Konya illerinde araştırılmıştır. Bu çalışma kapsamında bölgelerde yoğun olarak ekimi yapılan yedi havuç çeşidinin tohumlarında ve tarlalarda yer alan yabancı otlarda 16SrVI ve 16SrI ilişkili fitoplazmaların varlığı tespit edilmiştir. Konvansiyonel moleküler yöntemler insert ignore into journalissuearticles values(nested-PCR); kullanılarak dizi analizleri ile fitoplazma gruplarının varlığı doğrulanmış ve filogenetik analizler ile desteklenmiştir. Ayrıca elde edilen nükleotid dizileri, in silico PCR-RFLP analizi ile referans fitoplazma dizileri ile karşılaştırılmıştır. Daucus carota wild, Medicago sativa, Conium maculatum ve Sinapis arvensis yabancı otlarında 16SrVI insert ignore into journalissuearticles values(Clover proliferation); fitoplazma grubu ile enfeksiyon belirlenmiştir. Ayrıca yedi havuç çeşidinin tohumlarından çimlenen fidelerde 16SrVI ve 16SrI insert ignore into journalissuearticles values(Aster yellows); fitoplazma grupları tespit edilmiştir: Biri yerel kırmızı havuç çeşidi ve altısı ticari olarak üretilmiş çeşitlerdir. Bilgilerimize göre elde edilen bulgular; 16SrVI grubu ile enfekte olmuş havuç tohumlarının ve S. arvensis, C. maculatum ve D. carota wild`da 16SrVI grubunun varlığının ilk raporudur.
Keywords : fitoplazma, fide, yabancı ot, Nested PCR, in silico analiz, filogenetik