In silico analysis on catalase protein from Nicotiana tabaccum L.

Authors : Görkem DENİZ SÖNMEZ

Pages : 818-829

Doi:10.25092/baunfbed.1114706

View : 10 | Download : 9

Publication Date : 2022-07-08

Article Type : Research Paper

Abstract :Katalazlar, hidrojen peroksitin su ve oksijene ayrışmasından sorumlu olan antioksidan enzimlerdir. Katalaz aktivitelerinin çevresel faktörlerden ve stres koşullarından etkilendiği gösterilmiştir. Bu çalışmada Nicotiana tabaccum L. katalaz proteininin biyoinformatik araçlarla in siliko analizi yapılmıştır. Bu araştırmanın sonuçları, NtCAT-1 geninin ORF'sinin 1479 bp olduğunu ve 492 amino asitlik bir polipeptidi kodladığını göstermiştir. Öngörülen polipeptit, 6.27'lik bir pl ile 56.82 kDa'lık bir protein olarak ortaya çıkmıştır. Polipeptit, 71.52'lik bir alifatik indekse ve -0.519'luk büyük hidropatisite (GRAVY) ortalamasına sahiptir. NtCAT-1 proteini hidrofiliktir ve peroksizomda lokalizedir. NtCAT-1, 18-399 ve 421 ve 486 pozisyonlarında iki korunmuş domaine sahiptir. 54-70 pozisyonunda katalaz aktivite motifine (CAM) ve 344-352 pozisyonunda heme-bağlama bölgesine (HBS) sahiptir. Son derece güvenilir bir 3B yapı elde edilmiş ve Ramachandran çizim analizinden, en çok tercih edilen bölgelere düşen rezidülerin %97.23 olduğu bulunmuştur. Bu çalışmanın sonuçları, farklı bitki türlerinde katalaz proteini ile ilgili in siliko çalışmalarında daha ileri araştırmalar için temel bilgiler sağlayacaktır.
Keywords : Nicotiana tabaccum L, katalaz, in siliko