Mısır-mısır pası uyumlu interaksiyonunda ekspresyonu değişim gösteren genlerin DDRT-PCR analizi

Authors : Hatice ÇİLKOL, Mehmet Ali SÜDÜPAK

Pages : 259-265

Doi:10.29136/mediterranean.677461

View : 11 | Download : 7

Publication Date : 2020-08-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Bitki-mikrop interaksiyonlarında ekspresyonu değişim gösteren genlerin tanımlanması, konukçu direnci ve duyarlılığında gerçekleşen fizyolojik değişimler ve bunlardan sorumlu genetik faktörler ve mekanizmalar hakkında değerli bilgiler sağlamaktadır. Mısır insert ignore into journalissuearticles values(Zea mays); ve mısır pası insert ignore into journalissuearticles values(Puccinia sorghi); uyumlu interaksiyonunda gerçekleştirdiğimiz çalışmada, ekspresyonu değişim gösteren 98 transkript derivativi fragment insert ignore into journalissuearticles values(TDF); tanımlanmıştır. Klonlanarak sekans karakterizasyonu yapılan 72 TDF ile gerçekleştirilen GenBankası taramaları, münferit etiketler için bir veya daha fazla benzer kayıt bulunduğunu göstermektedir. Genel olarak, TDF’lerin yaklaşık yarısının fonksiyonu bilinen genlerin sekanslarına benzer olduğu ve bunların önemli bir bölümünün bitki-patojen interaksiyonlarında ekspresyonu değişim gösterenler oldukları tespit edilmiştir. Bunlar arasında, karbonik anhidraz, Bip2, An2, ARP ve ASR3 proteinlerini kodlayan genlere benzerlik gösteren TDF’ler bulunmaktadır. TDF’lerin kalan bölümü, diğer stres yanıtlarıyla ilgili olanlar ve karakterize edilmemiş/hipotetik protein kodlayan sekanslara benzerlik göstermektedir. ZmBip2, ZmCA, ZmcALDH, ZmARP ve ZmARPP3 genleri için RT-qPCR primerler tasarlanarak kontrol ve infekte materyalde ekspresyon teyitleri yapıldı. ZmCA hariç, diğerlerinin tespitlerinde gözlenen ekspresyon değişimleri doğrulandı. Sınırlı sayıda TDF çalışılmış olmakla birlikte, belirli fonksiyonlarla ilişkili olanlarla birlikte fonksiyonu bilinmeyenler, çalışılan patosistem uyumlu interaksiyonunda ekspresyonu modülasyon gösteren genler olarak tanımlanmıştır.
Keywords : Zea mays, Puccinia sorghi, uyumlu interaksiyon, gen ekspresyonu, RT qPCR