Ayrık Yapay Arı Kolonisi Algoritması ile Protein Yapısı Tahmini

Authors : Turgay BATBAT, Celal ÖZTÜRK

Pages : 263-0

Doi:10.17671/btd.97757

View : 14 | Download : 12

Publication Date : 2016-09-30

Article Type : Review Paper

Abstract :Proteinlerin yerine getirdiği görevler doğal durumları olarak adlandırılan üçüncül yapıları ile alakalıdır. Günümüzde birçok proteinin birincil yapı olarak adlandırılan dizilimleri bilinmekle beraber işlevlerini açıklayan üçüncül yapıları bilinmemektedir. Ele alınan dizide bulunan amino asitlerin üçüncül yapı oluşumuna yol açan özelliklerinin kullanılarak üçüncül yapılarının tahmin edilmesi proteinlerin gerçek doğasının tam anlaşılması ve bilimsel olarak kullanılmasının önünü açacaktır. Proteinlerin doğal yapılarına katlanması ile ilgili yapılan çalışmalarda en düşük serbest enerji düzeyinin elde edilmesi eğilimi tespit edilmiştir. Serbest enerji düzeylerini hesaplamada, sudan kaçma özelliği yoğun olarak kullanılmaktadır. Bu özelliğe göre sınıflandırılan amino asitleri temel alan HP modeli basitliği ve gerçekçiliği ile dikkat çekmektedir. Çalışmamızda HP modelinin doğadaki protein davranışı incelenerek geliştirilmiş bir türü olan Üç Boyutlu Hidrofobik Polar Yan Zincir modeli kullanılmıştır. Aday protein modellerinin oluşturulmasında arıların besin arama davranışlarını modelleyen Yapay Arı Kolonisi Algoritması temelli oluşturulan ayrık model önerilmiştir. Benzer çalışmalarda kullanılan başarımların test edildiği örnek dizilerde daha az maliyetle iyi sonuçlar alınmıştır.
Keywords : Biyoenformatik, Protein Yapı Tahmini, Yapay Arı Koloni Algoritması, Ayrık Optimizasyon