Moleküler doking metoduyla SARS-CoV-2 Mpro enziminin aktif bölgesinin incelenmesi ve borlu ilaç geliştirme imkanının araştırılması

Authors : Ahmet KÖSEOĞLU, Emine KAYA, Sedat SÜRDEM

Pages : 411-419

Doi:10.30728/boron.957434

View : 17 | Download : 6

Publication Date : 2022-03-29

Article Type : Research Paper

Abstract :Yapılan çalışmalarda COVID-19’a yol açan SARS-CoV-2 virüsünun ana proteaz enziminin (MPro) 2002 yılında ortaya çıkan SARS-CoV virüsünün ana proteaz enzimine %96 oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. SARS-CoV ve SARS-CoV-2 için halen ilaç bulunamamış olduğundan geniş spektrumlu antiviral ilaçların geliştirilmesi büyük önem arz etmektedir. Bu çalışmada, başka hastalıklar için kullanılan FDA onaylı antiviral ilaç moleküllerinin ve literatürde yer alan SARS-CoV ve SARS-CoV-2 için in vitro biyolojik testlerde aktif olduğu bulunan aday ilaç moleküllerinin MPro’ya bağlanma enerjileri AutoDockVina ile hesaplandı. GC-376 kodlu molekülün en düşük bağlanma enerjisine sahip olduğu bulundu (-8.0 kcal/mol). Ayrıca, MPro’ya kovalent bağlanabilecek bor içeren moleküllerin tasarlanma imkânı araştırıldı. MPro enziminin aktif kısmında, yan zincirlerinde -OH grubu olan THR24, THR25, SER46 ve SER144 amino asitlerinin, boronik asit grubu içeren ilaç molekülleriyle kovalent bağlanma yapmaya uygun durdukları bulundu. Bor içeren Bortezomib kanser ilacının da yapı olarak MPro’yu inhibe edebileceği öngörülerek bağlanma enerjisi hesaplandı (-7.0 kcal/mol). Bortezomib üzerindeki boronik asit grubunun yeri değiştirilerek THR24, THR25, SER46 ve SER144 amino asitlerinin -OH gruplarıyla kovalent bağlanmaya elverişli bir posizyona getirilmesiyle elde edilecek regioizomerlerinin bu enzimi daha kuvvetli inhibe etmesi beklenmektedir.
Keywords : Ana proteaz, Bortezomib, COVID 19, İlaç yeniden konumlandırma, Moleküler doking