Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi

Authors : Aysun HELVACI, Savaş KORKMAZ

Pages : 26-34

Doi:10.28979/jarnas.960829

View : 14 | Download : 8

Publication Date : 2022-03-10

Article Type : Research Paper

Abstract :Marul ülkemizde birçok bölgede üretimi yapılan önemli bir sebze türüdür. Marul üretiminde sorun oluşturan çok sayıda patojen bulunmakta olup bunlardan biri de Marul mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus, LMV)’dür. Bu virüsün ülkemizde ki varlığı farklı bölge ve illerden bildirilmiştir. Hastalığın tanısı ve teşhisine yönelik birçok çalışma yapılmış olmasına rağmen ülkemiz LMV izolatlarının tüm genom dizilimlerinin belirlenmesine yönelik bir çalışma yoktur. Bu nedenle bu çalışma kapsamında ülkemiz orijinli bir LMV izolatının (LMV-CNK) tüm genom diziliminim ortaya çıkarılması hedeflenmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda tüm genom dizilimi ortaya çıkarılan izolatın, diğer ülkelerdeki LMV izolatları ile nükleotit seviyesinde, aminoasit seviyesinde sırasıyla %82-98 ve %92-99 oranında benzerlikler gösterdiği saptanmıştır. Yapılan filogenetik analizler sonucunda ise LMV-CNK izolatının genel olarak Fransız ve Asya orijinli izolatlar ile yakın ilişkili olduğu görülmüştür. Bildiğimiz kadarıyla çalışma kapsamında ülkemizde ilk kez bir LMV izolatının tüm genom dizilimi belirlenmiş ve biyoinformatik analizleri yürütülmüştür. Bundan sonra yapılacak çalışmalarda ülkemizde daha fazla sayıda ve farklı LMV izolatlarının tüm genom düzeyinde dizilenmesi ve analizinin yapılması düşünülmektedir. Ayrıca elde edilen izolatların popülasyon düzeyinde genetik çeşitliliğinin belirlenmesi de izolatlar arasındaki farklılıkların ortaya çıkarılması açısından önem taşımaktadır.
Keywords : Benzerlik, filogenetik, marul, RT PCR, virüs