Çanakkale İlinde Leek yellow stripe virus Enfeksiyonunun Güncel Durumu ve İki farklı Gen Bölgesine Göre Kısmi Moleküler Karakterizasyonu

Authors : Merve SARI, Ali KARANFİL, Savaş KORKMAZ

Pages : 39-48

Doi:10.28979/comufbed.697787

View : 19 | Download : 8

Publication Date : 2020-05-22

Article Type : Research Paper

Abstract :Pırasa sarı çizgi virüsü (Leek yellow stripe virus, LYSV) pırasa tarımında ekonomik kayıplara neden olan en önemli viral hastalık etmenlerinden birisidir. Ülkemizin farklı illeri ve bölgelerinden LYSV’nin varlığı bugüne kadar yapılan birçok çalışmada bildirilmiştir. Ancak, yapılan bu çalışmalar virüsün tespiti ve kılıf protein (Coat Protein; CP) geninin moleküler karakterizasyonuna yöneliktir. Ayrıca etmenin enfeksiyonu yıldan yıla değişkenlik gösterebilmektedir. Bu nedenlerle virüsün güncel enfeksiyon durumun belirlenmesi ve iki farklı gen bölgesine göre virüsün kısmi moleküler karakterizasyonunun yapılması amacıyla bu çalışma planlanmıştır. Bu amaçla, 2019 yılında Çanakkale’nin 3 ilçesinde (Merkez, Ezine ve Ayvacık) arazi çalışmaları yapılarak virüs ve virüs benzeri belirti gösteren 35 pırasa bitkilerinden örnekler alınmıştır. Alınan örnekler double antibody sandwich-enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) ile LYSV varlığı açısından testlenmiş ve 32 tanesinin enfekteli olduğu bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden 2, daha önce yapılan bir çalışmadan (Korkmaz ve Çevik, 2009) elde edilen örneklerden de 2 tane olmak üzere toplam 4 örneğin nüklear inclusion b (Nuclear Inclusion b; NIb) ve CP gen bölgesi çoğaltılıp dizilenerek kısmi moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Yapılan çoklu dizi analizleri sonucunda Çanakkale LYSV izolatlarının her iki gen bölgesine göre de birbirleri ile %90’ın üzerinde dizi benzerliği gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise özellikle NIb bölgesine göre Çanakkale LYSV izolatlarının birbirleri ile yakın ilişkili olduğu belirlenmiştir
Keywords : ELISA, RT PCR, NIb, CP, Filogenetik