Meta-Genomik Gen Analizi için Filtre Tasarımı

Authors : İbrahim SAVRAN, Esra ERDEN

Pages : 471-480

Doi:10.24012/dumf.496688

View : 15 | Download : 7

Publication Date : 2020-06-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Bazı virüsler hariç tüm canlılarda kalıtımın temel yapısını nükleik asitler oluşturmaktadır. Bilim insanları kalıtım üzerine çeşitli çalışmalar yapmıştır. Yapılan araştırmalar ve deneyler sonucunda bilginin depolanması, bilgiye ulaşma ve bilginin analizinin rahat bir şekilde yapılmasına gerek duyulmuştur. Bunun için biyolojinin bilgisayarlar üzerinde kullanımı 1960’lı yıllarda başlamıştır. Sonrasında bilgisayar bilimleri geliştikçe biyolojinin gelişmesi ve araştırma alanları da artmıştır. Gelişmeler arttıkça biyolojinin büyük çaplı deneyler, makro molekül yapıları, DNA ve RNA gibi alanlarda araştırmaları daha çok olmaya başlamıştır. Son 50 yıl boyunca, hastalıklardaki artış bilim insanlarını DNA dizilimleri üzerinde çalışma yapmaya yönlendirmiştir. 1970’lerin başlarında ilk DNA dizileri üniversite araştırmacıları tarafından bulunmuştur. Daha sonralardan Sanger ve arkadaşları geliştirdikleri dizileme yöntemi ile insan genomunu dizilemeyi başarınca Yeni Nesil Dizileme kavramı ortaya çıkmıştır.  Yeni Nesil Dizileme yöntemi kullanılarak çok büyük boyuttaki gen sekanslarına dizileme yapılmıştır. Ancak gen sekanlarının uzunlukları çok büyük olduğu için dizileme yapılırken hatalar ile karşılaşılır. Ayrıca ideal DNA dizileme daha hızlı ve kolay çözüme ulaşmalıdır. Bu çalışmada gen sekanslamadaki hataları azaltma üzerinde çalışılmıştır. Bir filtre yardımı ile büyük boyuttaki gen sekanlarını benzerlik açısına göre birkaç kümeye ayırılmıştır. Ayrılan bu dizilerde doğru sıralamalar elde edilmeye çalışılmıştır.
Keywords : DNA dizileme, Biyoinformatik, Yeni nesil dizileme, Meta genomik gen, Sonek ağacı, Filtre