Ekzom dizileme verilerinin tekrar değerlendirilmesi ile saptanan klinik olarak anlamlı ekzom tabanlı kopya sayısı değişimleri

Authors : Fatma KURT ÇOLAK

Pages : 1-11

Doi:10.5505/deutfd.2021.29053

View : 8 | Download : 5

Publication Date : 2021-04-06

Article Type : Research Paper

Abstract :GİRİŞ ve AMAÇ: Son zamanlarda yeni nesil dizileme (next generation sequencing-NGS) birçok klinik laboratuarda yaygınlaşmakta ve kullanımdaki bu artış neticesinde hazırlanan özel yazılıma sahip bu platformlar aynı anda tek nükleotid varyantları (single nucleotide variants-SNV) ile birlikte kopya sayısı değişikliklerini(copy number variation-CNV) tanımlamak için giderek daha fazla kullanılmaktadır. Tek nükleotit polimorfizm(single nucleotide polymorphism-SNP) genotiplemesini içeren mikrodizin tabanlı teknolojiler, CNV karakterizasyonu için NGS’e paralel olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada ekzom analizi yapılmış, herhangi bir varyant tespit edilememiş ve tanısı konulamamış 30 hasta tekrar değerlendirmeye alınmış ve tanıya olan katkısına bakılmıştır. YÖNTEM ve GEREÇLER: Hastalarda NGS testi için Sophia genetics in Clinical Exome Solution (CES) kiti kullanıldı. Illumina Next Seq 550® cihazında çalışıldı. CNV olaylarının teyidi için mikrodizin çalışması olarak Illumina Infinium® HumanCytoSNP-12 v2.1 SNP-array çipleriyle Bluefuse® multi (v4.5) analiz programı ve Affymetrix® Cytoscan Optima çipleri ve Chromosome Analysis Suite (ChAS) 3.1 Thermo Fisher Scientific® programları kullanıldı. Bir hastada teyit için multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) testi için SALSA MLPA probemix P089 TK2® kiti kullanıldı. BULGULAR: Tekrar değerlendirilen 30 hastadan 4 vakada sırasıyla RRM2B geni delesyonu, Xq28 duplikasyonu, 22q11.21 delesyonu ve 15q21.2 delesyonu bulunmuştur. TARTIŞMA ve SONUÇ: NGS verilerini iyi geliştirilmiş yazılımlarla analiz etmenin birçok avantajı vardır. Özellikle bazı durumlarda hem SNV hem de CNV verilerini birlikte değerlendirebilen yazılım, klinik vakaların çözümüne yardımcı olabilmektedir. Teknolojideki gelişmeler daha iyi sonuçlar veren yazılım araçlarının geliştirilmesine yol açmaktadır. Bu tür analiz yöntemleri, özellikle genin bir kopyası silindiğinde, diğer kopya patojenik veya patojenik olabilen varyantlar taşıdığında, resesif koşullar için tıbbi genetikteki zorlu vakaların çözümünde zaman ve maliyet açısından fayda sağlamaktadır.
Keywords : Mikrodizin, kopya sayısı değişikliği, yeni nesil dizileme