De novo transcriptome assembly reveals three alternative oxidase encoding genes in Nymphaea alba L.

Authors : Ercan Selçuk ÜNLÜ, Gülgez Gökçe YILDIZ

Pages : 285-299

Doi:10.29130/dubited.914845

View : 10 | Download : 7

Publication Date : 2022-01-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Nilüfer bitkileri ekonomik değeri yüksek sucul süs bitkileri olup Nymphaea ailesi altında sınıflandırılmaktadırlar. Nymphaea alba L. (Beyaz nilüfer) bazal angiospermlerin bir üyesi olduklarından özel bir öneme sahiptir. Alternatif oksidaz kodlayan genlerin bazal angiospermlerde belirlenmesi filogenetik çalışmaların kalitesini artırmak için önemlidir. N. alba için AOX sentezinden sorumlu genler henüz tanımlanmamıştır. Bu çalışmada transkriptom analizi uygulamaları ile N. alba türünde AOX sentezinden sorumlu genlerin tanımlanmasını amaçlanmıştır. Trinotate aracılığı ile 272934 unigenin tanımlaması yapılarak, bilinen alternatif oksidazlarda karakterize edilmiş AOX domainlerini içeren 77 transkriptin dizisi ortaya çıkarılmıştır. Bu 77 transkriptin bilinen AOX proteinlerine karşı Blast analizleri ile N. alba türüne ait üç ayrı AOX geni ( AOX1, AOX2 and AOX4 ) tespit edilmiştir. In silico hücre içi lokalizasyon analizine göre AOX1 ve AOX2 proteinleri mitokondriyal, AOX4 ise plastidik alternatif oksidaz proteinidir. Şablon bazlı yapısal modelleme sonuçları, tanımlanmış bu proteinlerin model verilerinin, başka türlerde karşılık geldiği AOX proteinlerinin bilinen yapı modellerine istatistiksel olarak benzer olduğunu göstermiştir.
Keywords : AOX, Abant Gölü, RNA Seq, Nilüfergiller