Comparative Genomic and Proteomic Analysis of SARS CoV-2 - with Potential Mutation Probabilities and Drug Targeting

Authors : Ekrem AKBULUT

Pages : 1187-1197

Doi:10.18185/erzifbed.758406

View : 9 | Download : 6

Publication Date : 2020-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Yüksek oranda patojenik SARS-CoV-2’nin neden olduğu COVID-19 dünya genelinde 470 binden fazla insanın ölümüne neden oldu. RNA virüslerinin yüksek mutasyon potansiyelleri tedavi için en doğru yapının tanımlanmasını gerektirir. Bu çalışmada COVID19’un aynı alt sınıfta yer alan SARS ve MERS ile karşılaştırmalı genomik, proteomik analizleri ve rezidülerin mutasyon potansiyelleri biyoinformatik araçlar ile analiz edildi. COVID19’un nükleotid düzeyinde SARS ile 80.08% ve MERS ile 58.79% benzer olduğu bulundu. GC% oranları COVID19, SARS ve MERS sırası ile 38%, 40.8% ve 41.2%’dir. 5’UTR GC içeriği COVID19 (44.6%), MERS (43.5%) ve SARS (44.7%)’dir. Aminoasit düzeyinde COVID19, SARS ile 83.3%, MERS ile 42.5% benzerlik gösterdi. Temel yapısal proteinler kıyaslandığında COVID19/SARS’ın E, M, N ve S-proteinleri sırasıyla 94.7, 90.1, 90.6 and 76,1% oranında aynıdır. COVID19 için 14 yüksek mutasyon riski olan rezidü ve genomda tekrar sayıları belirlendi. Sonuç olarak; COVID19 ve SARS’ın yüksek yapısal benzerlikleri proteinlerin fonksiyonel benzerliklerine işaret edebilir. Bu çalışmanın verileri, düşük mutasyon riski ile ORF6 ve ORF7b gibi fonksiyonel olmayan korunmuş proteinlerin fonksiyonel özellikleri ile tedavi için uygun hedefler olabileceğini işaret etmektedir.
Keywords : SARS CoV 2, COVID 19, genom, proteom, mutasyon