Mersin Üniversitesi Su Ürünleri Fakültesi Uygulama Birimleri’nde Rejeneratif Tıp Araştırmalarında Model Organizma Olarak Yetiştirilen Ambystoma mexicanum’un DNA Barkodlaması ve Filogenisi

Authors : Badel ARSLAN, Serdar SÖNMEZ, Cengiz KORKMAZ, Gülsemin ŞEN AĞILKAYA, Gamze AYAR

Pages : 161-176

Doi:10.31594/commagene.1015429

View : 14 | Download : 5

Publication Date : 2021-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Ambystoma mexicanum Ambystomatidae familyasında yer alır. Güney Meksika’dan Güney Alaska’ya kadar geniş bir coğrafyada yaşayan Ambystoma cinsinin 30 türünden biridir. Limb rejenerasyonunun yanında beyin, kalp, böbrek organlarını rejenere edebilmeleri nedeniyle, evrimsel biyoloji, gelişim biyolojisi ve rejeneratif tıp araştırmalarında model organizma olarak kabul edilir. Model organizmaların kullanıldığı araştırmalarda canlının tür teşhisinin doğru yapılması deneylerin tekrarlanabilirliği ve karşılaştırılabilirliği açısından önemlidir. Bu çalışmada; Mersin Üniversitesi Su Ürünleri Fakültesi Uygulama Birimleri’nde yetiştirilen aksolotlların tür teşhisini bütünleşik taksonomik yöntemler kullanarak kesinleştirmek amacıyla mtDNA sitokrom oksidaz alt ünite 1 (COI) ve sitokrom b (Cytb) gen fragmentleri moleküler belirteç olarak kullanılmış ve NCBI GenBank’ta daha önce dizisi verilmiş olan Ambsytoma türleri ile filogenetik analizler ve tür sınırlarını belirleme yöntemleri ile karşılaştırılmıştır. Farklı veri setlerinin kullanıldığı analizlerin tamamında söz konusu bireyler daha önceki çalışmalarda elde edilen A. mexicanum türü ile aday tür olarak gruplanmıştır. Bu çalışmada elde edilen tüm diziler ile NCBI GenBank’tan elde edilen A. mexicanum dizileri haplotip olarak gruplanmış olup genetik uzaklıkları 0 bulunmuş ve bu çalışmanın konusu olan bireylerin kesin olarak A. mexicanum türüne ait olduğu belirlenmiştir. Sonuçlar Ambystoma cinsi içerisinde bazı türlerin özellikle A. barbouri ve A. texanum ‘un tür kompleksi olabileceğini ortaya koymuştur. Diğer yandan A. mexicanum, COI, Cytb ve COI+Cytb birleştirilmiş veri setleri ile yapılan tüm analizlerde A. andersoni ile aday tür olarak gruplanmıştır. Bu sonuçlar söz konusu taksonların parafiletik olduğunu ve A. mexicanum türüne atanması gerektiğini ortaya koymuştur.
Keywords : Rejeneratif Tıp, Aksolotl, Filogeni, Tür sınırlarını belirleme, Sitokrom b, Sitokrom oksidaz alt ünite 1