Saf kültür olarak stoklanmış bazı mikrofungusların ITS, β-tubulin ve Aktin gen dizilerine göre moleküler tanısı

Authors : Ahmet ASAN, Elcin TUNEY, Burhan SEN

Pages : 1-17

Doi:10.30708/mantar.295146

View : 13 | Download : 5

Publication Date : 2018-04-25

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada, Trakya Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Mikrobiyoloji laboratuvarında saf kültür olarak stoklanmış bununla beraber; cins veya tür düzeyinde morfolojik olarak teşhis edilemeyen bazı mikrofunguslar moleküler olarak tanımlanmıştır. Çalışmada kullanılan mikrofunguslar daha önce tür düzeyinde morfolojik olarak tanımlanamamış izolatlardan oluşmuştur. Örnekler, MEA besiyerine ekilip 25ºC’de 7 gün inkübe edilmiştir. Besiyerinden alınan örnekler, analiz yapılana kadar -20ºC’de saklanmıştır. DNA izolasyonu için funguslara özel, kimyasal insert ignore into journalissuearticles values(SDS ve CTAB);, biyokimyasal insert ignore into journalissuearticles values(proteinazK vb.); ve fiziksel insert ignore into journalissuearticles values(0.1 mm çaplı boncuklar); parçalama yöntemlerini bir arada kullanan DNA izolasyon kitleri kullanılmıştır. Çeşitlilik çalışmaları, PCR tabanlı fungal çeşitlilik çalışma kitleri ile yapılmıştır. Tüm izolatlar için ITS gen dizisi kullanılmış, cinse bağlı olarak β-tubulin ve Actin gen dizilimlerini hedeflenmiştir. PCR ile çoğaltılan DNA dizilimleri “Sanger Sequencing Yöntemi” ile dizilenmiştir. Elde edilen dizilerin hangi organizmalara ait olduğu NCBI ve EBI gibi uluslararası nükleik asit data bankalarında mevcut dizilimlerle, elde edilen filotiplerin dizilimleri karşılaştırılarak belirlenmiştir. Toplam 61 mikrofungus örneği, cins düzeyinde 3 gruba insert ignore into journalissuearticles values(A,B,C); ayrılmış olup, gruplara göre ilgili gen bölgeleri moleküler teşhis için analiz edilmiştir. 3 grup için hem ilgili gen bölgeleri hem de ITS bölgeleri baz alınarak yapılan moleküler analizler sonucunda, 6 örneğin tür teşhisi yapılamamış, 56 tür moleküler düzeyde teşhis edilmiştir.
Keywords : β tubulin gen dizisi, Actin gen dizisi, ITS gen dizisi, PCR, sekans yöntemleri, mikrofungusların moleküler teşhisi