Adıyaman ili badem ağaçlarını enfekte eden önemli Prunus virüslerinin DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile saptanması ve karakterizasyonu

Authors : Sadık AKGÜL, Mona GAZEL, Bahar TUNÇ, Kadriye ÇAĞLAYAN

Pages : 576-585

Doi:10.37908/mkutbd.923357

View : 14 | Download : 8

Publication Date : 2021-12-07

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Bu çalışmada, Adıyaman ili genelinde yetişen badem ağaçlarında apple mosaic virus insert ignore into journalissuearticles values(ApMV);, prunus necrotic ring spot virus insert ignore into journalissuearticles values(PNRSV);, prune dwarf virus insert ignore into journalissuearticles values(PDV);, plum pox virus insert ignore into journalissuearticles values(PPV); ve apple chlorotic leaf spot virus insert ignore into journalissuearticles values(ACLSV);’lerinin Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay insert ignore into journalissuearticles values(DAS-ELISA); ve Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction insert ignore into journalissuearticles values(RT-PCR); yöntemleriyle belirlenmesi, elde edilen virüs izolatlarının filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Yöntemler ve Bulgular: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarından simptomlu ve simptomsuz bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan tüm örnekler DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile testlenmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR analizi sonucunda 34 örneğin yalnız PDV ile enfekteli olduğu saptanmış, ancak testlenen örneklerde diğer virüsler bulunmamıştır. RT-PCR ile elde edilen PDV izolatları doğrudan sekanslanmıştır. Nükleotid sekansları birbiriyle ve GenBank`ta depolanan diğer PDV izolatları ile karşılaştırılarak filogenetik olarak analiz edilmiştir. Adıyaman PDV badem izolatlarının filogenetik ağaçta yüksek homolojiyle aynı grupta yer aldığı, GenBank’a kayıtlı diğer PDV izolatlarından ise farklı bir grupta kümelendiği belirlenmiştir. Bu çalışma Adıyaman ili badem ağaçlarında PDV’nin saptanması konusundaki ilk çalışmadır. PDV badem izolatlarından 15 tanesi MW357407-MW357421 erişim numaraları ile GenBankası’na kaydedilmiştir. Genel Yorum: Adıyaman`da yetişen badem ağaçlarında prune dwarf virus insert ignore into journalissuearticles values(PDV);’unun varlığı, hem DAS-ELISA hem de RT-PCR testleri sonucunda ilk kez bu çalışma ile kanıtlanmıştır. Adıyaman`da yetişen badem ağaçlarının %30,90 oranında PDV ile bulaşık olması, bölgede badem plantasyonlarının kurulması sırasında önlem alınması gerektiğini göstermektedir. Test edilen badem örneklerinde ACLSV, ApMV, PNRSV ve PPV tespit edilmediğinden, ileride yapılacak çalışmalar ile daha geniş alanları tarayarak örnek sayısının artırılması ve virüslere özgü farklı primer çiftleri kullanılarak yeni testlerin yapılması gerekmektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarında önemli Prunus virüslerinin tespiti ve karakterizasyonu ilk kez yapılmıştır.
Keywords : badem, virüs, DAS ELISA, RT PCR, sekans analizleri