Negatif olmayan matris faktorizasyonuna dayalı LncRNA-Hastalık ilişkisi tahmini

Authors : Ahmet Toprak

Pages : 1194-1199

Doi:10.28948/ngumuh.1279335

View : 59 | Download : 81

Publication Date : 2023-10-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Yapılan birçok biyolojik deneylerde lncRNA’nın çeşitli karmaşık insan hastalıklarının gelişimi ile yakından ilişkili olduğunu kanıtlanmıştır. Bu nedenle lncRNA ve hastalık arasındaki ilişkiyi bilmek sadece hastalık mekanizmasını anlamaya yardımcı olmakla kalmaz, aynı zamanda hastalığın teşhisini, tedavisini ve prognozunu da kolaylaştırır. Fakat lncRNA ile hastalık arasındaki ilişkiyi biyolojik deneyler yoluyla belirlemek hem maliyetli hem de çok zaman gerektiren bir süreçtir. Bu sebeple birçok araştırmacı potansiyel lncRNA-hastalık ilişkilerini tahmin etmek için hesaplamalı yöntemler geliştirmişlerdir. Bu çalışmada, fonksiyonel olarak benzer lncRNA’ların fenotipik olarak benzer hastalıklarla ilişki kurma eğiliminde olduğu varsayımına dayanarak, potansiyel lncRNA’ları tahmin etmek için NMF adı verilen bir hesaplama yöntemi öneriyoruz. Bu yöntem lncRNA ekspresyon benzerlik ağını, lncRNA kosinüs benzerlik ağını, hastalık semantik benzerlik ağını, hastalık kosinüs benzerlik ağını ve bilinen lncRNA-hastalık ilişkilendirme ağını entegre etmektedir. Yöntemimizin tahmin doğruluğunu göstermek için 5-katlı çapraz doğrulama ve birini dışarıda bırak çapraz doğrulama tekniklerini uyguladık ve ROC grafiklerini elde ettik. 5-katlı çapraz doğrulama için 0.7837 AUC değeri, birini dışarıda bırak çapraz doğrulama için 0.8551 AUC değeri hesaplandı. Sonuçlar NMF yönteminin güvenilir tahmin performansına sahip olduğunu göstermektedir.
Keywords : lncRNA, hastalık, lncRNA hastalık ilişkisi, NMF